En el tema de aguas residuales, la institución ha venido trabajando fuertemente, en las nuevas construcciones, se cuenta con lagunas de tratamiento o con sistemas modernos como el FAFA, que ha permitido realizar un buen manejo de las aguas. En construcciones más viejas, dependemos de los sistemas de tratamientos que hayan en los lugares donde se encuentran las más de 600 construcciones con que cuenta el Ministerio a nivel nacional. Se realizó un inventario de las sistemas que utilizan tanque séptico, para en la medida de las posibilidades , ir cambiando a sistemas más acordes a la realidad ambiental.
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